Cell | 免疫疾病中免疫细胞特异基因调控动态全景

冲绳大学的研究课题管理人员和RIKEN Research研究课题所的朋友们之前确立了首个针对自身病原体性结核病和自身炎症性结核病的蛋白质在线。希望这一能源能为病原体结核病的发展利用新的见解，并似乎有助药物的见到。科学家们还希望，与病原体涉及的蛋白质组抽样记事再次似乎运用诸如COVID-19等传染病的研究课题。

冲绳大学单项研究课题秘书，针灸风湿病学家，系统蛋白质组学专家Mineto Ota博士知道：“要明了结核病，就只能深刻理解蛋白质人体内的系统。有了这个抽样集，我们就可以将与结核病涉及的DNA多肽巨大变化的抽样与对结核病发病机制极为极为重要的蛋白质和蛋白质型式联系上来。”Ota是该团队公开发表在《Cell》杂志上的短文的主要所写，短文结尾为“Dynamic landscape of immune cell-specific gene regulation in immune-mediated diseases”。该单项是与Chugai Pharmaceutical的科学家们密切合作开展的。

所写说道，病原体酪氨酸的结核病（IMD）最主要从自身病原体性到自身炎症的多种病理。他们指借助于，尽管IMD里面炎性蛋白质因子的异常娱乐活动表明病原体系统发生了巨大变化，但是，“对于IMD的涉及蛋白质甚至涉及蛋白质型式相吻合。”

全部都是蛋白质组相似之处研究课题（GWAS）见到了许多与IMD涉及的蛋白质组位点。但是，在此类相似之处研究课题里面确认借助于的许多蛋白质人体内都坐落于调节蛋白质“on”或“off”解读的DNA非字节周边地区，而不是坐落于蛋白质字节多肽里面。研究课题小组指借助于：“GWAS之前推断借助于了许多与复杂基因型和结核病涉及的蛋白质组位点，最主要IMD。这些人体内里面的大多数都坐落于非字节蛋白质组周边地区，相对之下是调控元件，如增强子和启动子。”

为了推断借助于调控DNA的系统，一种相异型式的蛋白质组比对，称作解读定量基因型蛋白质位点（eQTL），旨在将DNA多肽的差异性与蛋白质解读的差异性联系上来。利用eQTL抽样，研究课题管理人员可以对调控DNA多肽的目的、调控多肽里面的人体内如何影响其调控蛋白质的解读以及这些蛋白质解读差异性如何导致结核病做借助于更明智的猜测。

其它针对病原体的eQTL研究课题之前在开展里面，但先前的研究课题组只最主要健康民间组织，并检查了实际数量的蛋白质型式。研究课题管理人员说道：“对健康供体病原体的研究课题似乎只能捕捉结核病正常下见到的一系列eQTL效应。此外，虽然对病原体的各种类型冲动可以在某种程度上模拟结核病正常，但并不总是解读借助于体内的环境因素环境。”

Ota不足之处道：“炎症正常下，病原体的科学特性与健康正常下的有所不同蛋白质截然相异。与病原体情况涉及的蛋白质人体内似乎只在体弱正常下起作用，因此对于这种型式的蛋白质研究课题，从确实病患脖子利用抽样极为极为重要。”

在他们同类型华盛顿邮报的研究课题里面，研究课题小组对79名健康民间组织和337名被诊断患有10种相异型式病原体酪氨酸结核病（最主要类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和系统性结节病）的病患开展了全部都是蛋白质组人类基因组计划。所有民间组织都是冲绳血统。

明了病原体酪氨酸的结核病不具备挑战性，因为尽管每种结核病在针灸上都是相异的，但仍有许多对应之处，并且不具备有所不同诊断的病患似乎会表现借助于极为相异的症状。研究课题管理人员不足之处知道：“由于所有这些丰富性，一次求学一种病原体酪氨酸结核病的能力是实际的。但是，如果我们一起研究课题10种结核病，就可以更全部都是面地明了这些型式的结核病。”

在完成全部都是蛋白质组人类基因组计划后，研究课题管理人员从民间组织的肠道抽样里面合成28种相异型式的病原体涉及蛋白质，并测量了这些蛋白质里面的蛋白质解读。“我们在记事里面看到，每种病原体型式都有相异的eQTL结果，这可以告诉我们蛋白质型式之间蛋白质调控的差异性，以及哪种蛋白质型式对于发展哪种结核病至关极为重要。”研究课题管理人员知道。

所写年度报告知道，“在蛋白质解读比对里面，我们在一个平台上对多个IMD开展相比较，使我们只能描述每个结核病（病患）的特性，并识别与单个结核病抗原涉及的蛋白质，以及在一组IMD里面心理因素的途径……我们的抽样集使我们只能侦测每个特定蛋白质型式里面eQTL效应的环境因素（结核病）背景驱动的不良影响。”

研究课题管理人员将得到的能源命名为冲绳大学病原体蛋白质解读记事（ImmuNexUT），并知道它代表了使用东南亚地区血统民间组织确立的最大者的eQTL抽样集。他们说明了道：“我们确定了病原体型式抗原的eQTL效应，最主要以前未华盛顿邮报的稀有蛋白质型式，它们在环境因素炎症条件下的丰富性，以及这些eQTL与IMD遗传之间的非常大相似之处。”

“到目前为止，在这一层面，大规模的蛋白质组和系统蛋白质组研究课题主要是利用北美慈善机构开展的，尽管群体丰富性对于简单理解蛋白质组系统至关极为重要。”研究课题管理人员知道，“这个冲绳受试者的eQTL记事对于克服这种以北美为里面心的偏见，结合北美的抽样集大幅度研究课题DNA人体内的系统，也不具备极为重要意义。”

研究课题管理人员希望ImmuNexUT在线将继续增长，并再次为病患带来更好的结果。他们知道：“与以后华盛顿邮报的能源相对，我们的抽样集不具备独具而稳固的特点，最主要全部都是面的病原体细分、慈善机构之间病原体情况的巨大变化以及同质的非北美慈善机构。”